Pour régir son fonctionnement, le COTREP a rédigé une charte signée par les Dirigeants des trois entités.
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L'article 6 de la charte du COTREP est consacré à la confidentialité. Le demandeur et le COTREP signent un accord de confidentialité portant sur les informations nécessaires à l'étude du dossier, notamment :
Ces informations restent confidentielles, vis-à-vis des tiers, même après la mise de l'emballage sur le marché.